痛丧子 弃文业医
正当恽铁樵在事业上取得成就的时候，丧子之痛不时向他袭来。1916年，年已14的长子阿通殁于伤寒，次年第二、三子又病伤寒而夭折。粗通医道的恽铁樵往往心知其所患某病，当用某药，但是苦于没有临床经验不敢轻举妄动，向医生建议商讨，从无采纳的余地，只是爱莫能助，坐视待毙。痛定思痛，深深地感到求人不如求己，遂深入研究《伤寒论》，同时问业于伤寒名家汪莲石先生。一年后第四子又病，发热恶寒，无汗而喘，太阳伤寒的麻黄证显然。请来的名医，虽熟读《伤寒论》但不敢用伤寒方，豆豉、山栀、豆卷、桑叶、菊花、杏仁、连翘等连续不断，遂致喘热益甚。
恽铁樵踌躇徘徊，彻夜不寐，直至天明果断地开了一剂麻黄汤，与夫人说：三个儿子都死于伤寒，今慧发病，医生又说无能为力，与其坐着等死，宁愿服药而亡。夫人不语，立即配服。一剂肌肤湿润，喘逆稍缓;二剂汗出热退，喘平而愈。于是恽铁樵更加信服伤寒方，钻研中医经典，亲友有病也都来请求开方，而所治者亦多有良效。
一日某同事的小孩伤寒阴证垂危，沪上名医治疗无效，恽铁樵用四逆汤一剂转危为安。病家感激万分，登报鸣谢曰：“小儿有病莫心焦，有病快请恽铁樵”。求治者日多一日，业余时间应接不暇，遂于1920年辞职挂牌，开业行医。不久门庭若市，医名大振。
挽逆流 倡导化合辟新路
恽铁樵从医之时，中医正处于生死存亡的危急关头。20世纪初，随着新文化的传入，面对西方科学的进 恽铁樵药盦医学丛书步，如何看待中国传统医学出现了两个极端：一是盲目崇拜外国，彻底否定中医，如余云岫，1916年抛出《灵素商兑》，从基础理论入手，认为《内经》“无一字不错”，中医“不科学”，“靠暗示的效果”，“精神的作用”，“和催眠术差不多”，甚至主张立法废止中医;另一种是夜郎自大，顽固保守，拒不接受现代科学，攻击研习西医是“媚外卖国，蹂躏国粹”。
恽铁樵以他渊博的知识，丰厚的临床经验，纵览了世界科学的进步，认为中医有实效，乃有用之学，西医自有长处，尤其生理学的研究，由于中西文化背景不同，医学基础各异，从而形成了两个不同的体系，“西方科学不是唯一之途径，东方医学自有立脚点”，但是中医由于年代久远，应该整理提高，使之发展进步，并明确提出吸取西医之长处，融会贯通产生新的医学，说“中医有演进之价值，必须吸取西医之长，与之合化产生新中医，是今后中医必循之轨道”，并说“居今日而言医学改革，苟非与西洋医学相周旋更无第二途径。”
然而这是为了发展中医，补助中医，“万不可舍本逐末，以科学化为时髦，而专求形似，忘其本来”。他的真知灼见，为垂危的中医指出了生存和发展的道路，回顾半个世纪来中医所走过的历程，立足中医，吸取新知的观点无疑是正确的。
著华章 融会古今创新论
为了使退化的中医进步，零乱的学术整齐，恽铁樵一扫引经考据的陈规陋习，不因袭前人的成见，不附和时行的见解，独辟蹊径，革新旧说，比较全面系统地整理了中医经典及重要著作，首先他针对《灵素商兑》的武断攻击，在1922年发表了著名的闻世之作《群经见智录》。
他用科学的方法，研究了《内经》理论的原委实质，提出了“四时五脏”的观点，认为古人把四时看作是万事万物变化的支配力量，也是古人认识事物变化的方法，由四时的风寒暑湿产生了六气;生长化收藏产生了五行，再由四时五行派生出五脏，因此四时是内经的骨干，“内经之五脏非血肉之五脏，乃四时的五脏”。他从方法论的高度揭示了中医理论，特别是藏象学说的秘奥，展示了古代医家一条朴实的、可以理解、捉摸的思路，驳斥了《灵素商兑》的攻击，捍卫了中医学术的完整性。
此外“因势利导”、“拨乱反正”的形能观;“单丝不成线”，内外因素结合的发病观;“腺体一统，以肾为平的腺肾相关论”等众多独特的见解观点，至今犹有其指导意义，如腺肾相关论已为现代肾本的研究所证实。