商代 (公元前1700-1100年)
商人民居住在中国境内的黄河盆地，被认为是中国最早的祖先之一。他们行医的方式非常原始，往往将迷信、传说及治疗经验结合应用。
据当时出土的水牛及乌龟甲骨文记载，已有数种疾病的描述和治疗方法，人们更以酒及热水作药物，利用针及青铜刀作手术用具。相传以汤液治病始自此期。
商人认为自己的存在与天地万物关系密切，大家所处的位置是，天堂在头上，地球在脚下，而人在两者之间 。
他们的信念是 "地球是扁平的，并由三块同心方块组合而成"， 并以这个盖天说法来解释一切自然定律，而人与宇宙之间也因此而建立了很多联系。
举例说，人类身体的皮肤被认定与地球的扁平特质相关;而五脏与五行的木、火、水、土和金相关;眼睛及耳朵与天上的太阳及月亮相关等。奠定了中医药理论体系基础。