黑木耳对胆结石、肾结石、膀胱结石、粪石等内源性异物也有比较显著的化解功能。黑木耳所含的发酵和植物碱，具有促进消化道与泌尿道各种腺体分泌的特性，并协同这些分泌物催化结石，滑润管道，使结石排出。
同时，黑木耳还含有多种矿物质，能对各种结石产生强烈的化学反应，剥脱、分化、侵蚀结石，使结石缩小，排出。对于初发结石，保持每天吃1-2次黑木耳，疼痛、恶呕等症状可在2-4天内缓解，结石能在10天左右消失，对于较大较坚固的结石，其效果较差，但如长期食用黑木耳，亦可使有些人的结石逐渐变小变碎，排出体外。常吃黑木耳，还能预防血栓等症的发生。