2014年7月，《食品安全法(修订草案)》向社会公开征集意见，12月30日，全国人大发布《中华人民共和国食品安全法(修订草案二次审议稿)》，关于保健食品的注册，两次草案均提到了实施备案制。行业内专家在接受记者采访时表示，保健食品注册制向备案制的过渡是一个逐步的过程，目前注册制与备案制双轨并行的方法更适合国内市场实际情况。
草案：注册与备案制并行
草案二次审议稿第七十一条规定，使用新原料的保健食品和首次进口的保健食品应当经国务院食品药品监督管理部门注册。但是，首次进口的保健食品中属于补充维生素、矿物质等营养物质的，应当在上市销售时报国务院食品药品监督管理部门备案。其他保健食品应当在上市销售时报省、自治区、直辖市人民政府食品药品监督管理部门备案。
专家：尚不具全面备案制条件
中国保健协会理事长张凤楼赞成保健食品实行良好的生产规范，实施保健食品分级分类注册和备案管理的法律制度。“从严格的注册又改变为绝大部分产品宽松的备案，我认为这样的大跨度法制变化，是不是能够起到严格监管的作用，令人堪忧。”另一方面，保健食品的注册制度实行近20年，大量不安全的、功效评价不合格的产品没有通过注册，保障了产品的安全性和消费者的利益，如果取消注册，必将产生一系列的安全问题，“产品功能标准管理得不到实施，行政执法监督将失去法律依据，已经建立的法律法规规章体系将遭到彻底破坏。”
北京大学公共卫生学院教授、中国营养学会特殊营养委员会副主任委员李可基表示，从审批制逐步过渡到注册与备案制双轨并行是一种比较可行的方法，不可能从审批到备案“一刀切”，因为从目前国内的实际情况来看，“一些更具体的技术标准相关规定等尚不十分完善，不具备立即实施备案制的条件，”消费者的“不成熟”等也决定了我们不可能照搬国外模式。在李可基看来，我们实施的“备案制”与国外也有区别，“国外的备案制为事后监管，国内的备案是有一定审查的备案。”
保健品不是药品，并没有治疗效果
目前市场上，许多保健食品混充“药品”，而且，功能无限夸大，打着“包治百病”的旗帜。其实国家对保健食品包装标签上不能含有或暗示具有治疗作用的规定。保健品就是对健康人有一定的保健作用，没有治疗的功效，这也是其没有被批准为药品，而是保健品的最主要原因。许多保健品经营企业，为了扩大销售，人为夸大保健品的功能，甚至说有药品的治疗功效，误导了消费者，这是极不负责任的行为。保健品仅仅是由国家卫生部门批准的一种食品。但是它却可以辅助机体排除体内毒素、全面均衡的补充营养、调理五大系统，提高人体自身免疫力、解除现代人形成疾病的因素，从而使人们恢复健康的体魄。保健品有一定的辅助治疗作用，为人们的健康起到了重要的作用，但是却不能和药品混在一起两者并不是等同的。
保健品不能盲目乱吃
目前保健品：集中在三类：一是抗衰老，二是加强免疫力，三是预防心脑血管、糖尿病、肿瘤等各种疾病。各式各样的保健品都盯着人们加紧促销。然而不知不觉乱吃保健品成了一疾病高发的一大因素。很多人在感觉力气时，盲目的买一些增强免疫力的产品，但是结果却是服用了不明成分的保健品，导致病情加重，甚至丢了性命。人们希望身体健康、延年益寿却不知这些的关键在于日常保健，不应寄希望于药物或保健品。很多保健品写着纯中药产品，但是有些中草药长期服用会直接危害肾脏，甚至造成尿毒症等严重疾病。根据中国中西医结合学会的研究，光对肾脏有毒害的中药就有50多种。