春运旅行期间，通过密闭交通工具、空气流通较差的场所以及人群之间密切接触，造成疾病特别是呼吸道疾病传播的机会明显增加。同时，食物中毒发生的可能性也大大增加。
中国疾控中心卫生应急中心提出春节期间旅行卫生建议，应重点警惕以下几类传染病：
埃博拉出血热：主要临床表现为发热、乏力、肌肉疼痛、头痛、呕吐、腹泻、腹部疼痛，或出现无诱因的出血和青紫。人主要通过直接接触出现临床症状或死亡的埃博拉病毒感染者的血液、分泌物(如粪便、尿液、唾液、精液)以及被患者体液污染的物品(如衣物、床单或用过的针头)而感染，也可通过接触疫区带毒的蝙蝠及灵长类动物(如猴子、猩猩)感染。该疾病的潜伏期为2-21天，病人在潜伏期内没有传染性。目前尚无获准使用的埃博拉疫苗或药物。
禽流感：目前全国人感染H7N9禽流感疫情处于散发态势，活禽及活禽市场暴露仍是主要的感染来源和危险因素，若各地活禽管理措施不能得到有效落实，部分地区还可能出现家庭聚集性病例。同时，在禽类消费习惯未发生根本改变的情况下，不排除出现其它亚型的散发病例。
季节性流感：目前正值我国流感流行季节，南方省份流感活动水平将逐渐达到冬季流感高峰，而北方省份流感活动水平将逐渐回落，但仍处于流行季节。北方省份以甲型H3N2流感为主，南方省份为B型和甲型H3N2流感共同流行。香港、台湾地区的流感水平也有所增强。
接种流感疫苗是预防流感的最有效手段。一年内未接种过流感疫苗的人员，尤其是孕妇、婴幼儿、老年人、慢性病患者和医务人员，应及早接种流感疫苗，以提高抵抗力，减少流感病毒感染的机会。
中东呼吸综合征(MERS)：表现为发热、咳嗽、呼吸短促或呼吸困难等呼吸道感染症状，部分病例可出现肾衰和死亡。患有基础性疾病(例如糖尿病、慢性肺部疾病和免疫缺陷等)的人员尤应引起注意。目前认为感染源来自中东地区单峰骆驼等动物，病毒在人与人之间传播能力有限。
基孔肯雅热：加勒比海及中美洲地区的基孔肯雅热疫情暴发仍在持续，疫情已蔓延至50个国家和地区。疫情最为严重的国家为多米尼加、哥伦比亚及萨尔瓦多。基孔肯雅热主要通过埃及伊蚊和白纹伊蚊的叮咬传播，感染率高，主要症状为高热、头痛和关节疼痛、畏寒等，一般在5至7天后自愈，目前尚无有效治疗和预防药物。患有关节炎、基础性疾病(如高血压、心脏病、糖尿病等)、65岁以上、孕后期的孕妇等人员需要慎重考虑前往上述地区。