2003年春季爆发的非典是本世纪最大的流行病传播事件，也是对人类医学的一场挑战，在各国医学家的通力合作下，从发现病原体、破解病毒的基因序列到找到快速的诊断方法，人类只用了一个多月的时间就将SARS病毒牢牢地锁定在视线内，现代医学在SARS的防治过程中取得了丰硕的成果。同时中医药在SARS治疗中也大显身手：
2003年5月中旬，广州中医药大学附属一院治疗50余名SARS患者，无一例死亡，平均退烧时间3天，平均住院时间9天，且医护人员无一人感染。二附院至4月初收治112例患者，平均退热时间7天，平均住院18天;二附院甚至纯用中医药治好了15例SARS患者。钟南山院士所在的医院到5月份共收治117名病人，10人死亡;收治病人中，中医介入治疗71例，仅一例死亡。北京仝小林教授治疗小组收治16名SARS病人，纯用中医药治疗，全部治愈，平均退热时间仅4.5天。
广州中医介入SARS治疗最早最深，病死率全国最低，不到4%，低于全国的7%。北京有关权威人士称，北京中医介入抗SARS斗争虽然较晚，成效显著，介入后的死亡率是介入前死亡率的五分之一。
由于大量使用激素等药物，西医治疗的病人患肺部纤维化和骨股头坏死的人至少占1/3以上;迄今去医院检查者，基本都有骨股头坏死现象。
SARS在中医理论中属于瘟疫，而中医抗击瘟疫有几千年的历史，形成了完整的理论体系，积累了极丰富的经验。可SARS初起却是西医冲在了最前面，中医被忽略，后期中医才被重视，而最终结果却印证了中医的优势。
战胜SARS的整个过程中凸显西医中医的迥异。西医把自己的优势发挥到了极致，但仅仅是让我们看到了SARS病毒的真面目以及快速的诊断方法，这是有意义的。西医的治疗看似风光无限，但死亡率较高，后遗症严重，救活了却失去了活着的质量。而之后的疫苗和相关药物的研制恐怕难有做为，病毒做为极小的生命，遵循适者生存的逻辑，你杀之，它就变之，以适应你杀之的环境，变异的速度远远比你研制的速度快的多，一如细菌的变异，已经使抗生素走入了死胡同一样。自然的生存法则决定了人类无法根绝有害病毒和细菌的存在，西方医学与病毒、细菌之间敌对的对抗，使人类面临的将是一场无休无止、没有尽头的战役，最后失败的恐怕是人类。
而中医在面对SARS的时候，闲庭信步、默默无闻间却占了上风，这是为何?当然是几千年沉淀的丰硕成果在起作用。中医理论认为人生病是人体自身阴阳失衡、脏腑失调、正气亏虚的情况下，此时病邪乘机侵入，从而导致疾病。人生病的根本原因是人体失去平衡，所以中医治病重在治人，通过“调理”人体，调整人体的自康复能力和提高人体的驱邪能力，调动机体自身良好的状态去对抗疾病，病原体是什么并不重要，重要的是病原体进入人体后邪气与正气对抗后的表征，从而进行辨证论治。这与西医单纯针对致病的病毒、细菌的方法决然不同。所谓中医治人，西医治病。
同时中医认为，个人的健康，人类的健康和万物的协调发展是相需互依的整体，人与自然息息相关。中医药学研究的对象是人而非疾病，其理论形成的基础并非物质性质的人体，而是作为生命整体的人以及人与自然的协调关系。中医强调的“天人相应，脏腑相关，生克制化，辨证论治、燮理阴阳”等，均以系统的、整体的、动态的思想来研究人的生命状态。简单来说就是：人生病的根本原因是人体失去平衡，而人体失去平衡的根源是人体与自然、与周围的环境的协调关系被破坏。结合现实情况我们发现：改革开放以后，经济高速发展，人们的生活质量不断提高，但健康状况堪忧，疾病发生率远远高过从前，很多人处于亚健康状态。这与当前污染严重，自然环境遭到严重破坏，人们承受的工作、生活压力过大是密切相关的。这也从现实意义上印证了这一理论。
在中医看来，疫情的突发，往往与三个原因相关，一是气运的变化，即大自然的变化规律与发病有关。二是戾气(致病物质)导致瘟疫流行;三是凶荒兵火，即社会因素与流行病密切相关。近代多次世界范围内流行性感冒的发生与太阳黑子活动密切相关的研究结论，就是对这一理论的佐证，它为预测流感流行提供了参数，同时也为其他疾病流行规律的研究提供了思路。对于流行病，中医始终强调"预防胜过医治"。它不同于西方医学单纯的病毒、细菌探讨，中医是从生态大系统出发对疫病流行的时间、气象规律进行探讨和总结。
中医认为即便是同一致病物质，侵犯了不同的人，或者不同地区的人，也会有不同的后果。因为不同的人抵抗力不同，不同地区的气候等客观环境也不同，致病物质变异情况也不同。所以要辨证施治，通过症状锁定疾病。也就是说，任何疾病，只要你有临床表现，中医就可以据此拿出一套治疗方案。