清朝 (公元1644-1911年)
关于清朝
由于长期内忧外患，明朝终于1644年被满清贵族推翻。清初为缓和阶级矛盾，实行奖励垦荒、减免捐税的政策，国内和边疆的社会经济都有所发展。
最初的几位皇帝，特别是康熙(1662-1722)、雍正(1723-35)及乾隆(1736-96)，史称「康雍乾盛世」，促进社会发展至新的景象。
不仅解决了中国历史上，游牧族与农耕族之间日久的冲突;同时采纳一系列政策，发展边疆地区的经济、文化和交通，巩固了国内多民族的统一，也奠定了现代中国的版图。尽管清朝取得令人瞩目的成就，但其发展并未超越传统封建、专制主义体制。
经济上仍以农立国;文化思想上提倡封建礼教。外交上长期闭关自守，盲目自大。因此与同时期西方资本主义蓬勃发展的形势相比，清朝所取得的成就则相形见绌，已落后于世界发展的潮流，并且存在越来越大的距离。
清中叶以后，各种社会矛盾日益暴露，反清斗争接连不断，经历9年的白莲教起义，结束了清朝的全盛时期。
1840年鸦片战争后，帝国主义入侵，清廷与侵略者分别缔结了一系列不平等条约，割地赔款，开放通商口岸，逐步沦为半封建半殖民地社会。满清国主权受损，政治腐败，进入了衰落时期。1911年孙中山发起辛亥革命，成功推翻清朝。
温病学的继续发展
明朝吴有性的《温疫论》是温病学的重要里程，之后其他医家对温病学体系继续进行临床实践及理论探讨。清朝温病学说有更进一步发展，已经形成了独立专题。
这个时期的重要人物及著作有，叶桂与《温热论》、薜雪与《湿热条辨》、吴瑭与《温病条辨》。
晚清时期，虽然中医面对西方医学严峻的考验，医家们继续拥护《伤寒论》、"寒凉派"、《神农本草经》以及其他传统中医理论，中医学仍旧受到普遍支持。
王士雄(1808-66)，终其一生研究温病，撰写《温热经纬》一书。柳宝诒(1842-1901)的《温热逢源》及雷丰之《时病论》(1882)仍然对温病学的发展有一定贡献。
人体解剖学
中医有关人体解剖学的知识，在《黄帝内经》中已有不少记载。但一直发展缓慢，部分原因归咎于中医外科手术没有受到重视。
1830年《医林改错》的刊行，纠正了前人关于人体脏 腑记载的某些错误。其作者王清任(1768-1831)深感医家掌握正确人体脏器知识的重要性。
他细心观察放置在义冢的尸体，发现很多以前中医学不了解的器官，如主动脉、胰脏及横膈膜等，也纠正了"肺中有24孔"、"尿从粪中渗出"等错误论断。他再一次肯定脑子主宰思维记忆的功能。