周朝 (约公元前1100-221年)
共分为四个时期：
* 西周 公元前1100 - 771年
* 东周 公元前770 - 256年
* 春秋时代 公元前770 - 476年
* 战国时代 公元前475 - 221年
儒学及道家思想
周人于公元前1100年灭商而建立西周王朝，虽然沿用商代遗留的礼仪及制度，但人们开始反抗旧有的礼节及思想。
在这段时期，人们开始道德崩溃，封建诸侯之间时有战争，政治及社会极不安定。两位历史人物应时冒起，其一是始创儒学的孔夫子(公元前557 - 479年)，他是社会改革者和导师，希望将动荡的时局回复平静。
与其同时代的还有老子(生于公元前590年)，是道家思想始创人。道家思想偏向于哲学方面，而儒学则讲求实际。这些思想至今仍影响中华文化，对中医的实践非常重要。
宫廷医师
周朝医药当比商代为进步，但皆集中在王宫，并已有制度。根据《周礼》的记载，东周时期已存在有系统的医疗组织，宫廷医师需接受不同的专科训练。
例如疾医负责疾病治疗工作，属现代医学的内科，疡医负责治疗疮伤、皮肤病、骨折或其他创伤，食医负责王宫内饮食调配，相当于今日的营养师。另外还有负责动物治疗的医师，是中国首个法定的兽医。其时医术已开始分门别类。
扁鹊
扁鹊的行医手法是以四种中医检查步骤为基础，即观察病人舌、耳、鼻、眼、面、口及喉;听诊病人语气、咳嗽或其他身体异动;详细询问病人的发病过程;最后会替病人搭脉。
他更相信疾病是由于体内阴阳失衡所造成。以此，扁鹊被喻为是妇科、儿科、眼科、精神科及耳鼻喉科的治疾圣手。
《黄帝内经》
在战国时代，中国处于七国诸侯分割的情况。约于此时，阴阳学说和五行学说开始应用于疾病成因方面，更被发扬到作为学校教材并记载在文献中。阴阳学说一直未能确定是源自那里及什么时期。
《内经》虽称是皇帝所写，其实是由数位作者经过长时间汇集而成的作品，它反映了秦汉以前的医学成就。是由《素问》及《灵枢》两书合成，《素问》于春秋战国未期完成，而《灵枢》成书于公元2年，又在汉代(公元前206年至公元25年)修改。
《内经》是中国医学理论的基础，内容非常广泛，除了医学，亦阐述道德、哲学及宗教。其主题渗透、贯穿道家思想、阴阳学说及五行学说各方面。
在1973-1974年，长沙马王堆墓穴出土了一批医学文献，属于公元前168年以前的文物，其中有一本叫《五十二病方》，详细记录了52种疾病及52种方剂，是中国最早的中药学参考文献。
虽然如此，《内经》仍是最广泛参考的文献之一，现今许多学者仍以《内经》的丰富内容为启迪。