在所有食物中，菠菜的草酸含量最高，草酸容易和人体进食的钙结合形成不溶性的草酸钙，草酸钙不但不能被人体吸收利用，而且还妨碍人体对钙的吸收。因此，食用菠菜时，烹饪方法很重要。
菠菜的烹饪方法有很多种，但直接炒着吃、做汤吃都不太适宜。
对普通人群来说，为了预防形成结石和影响人体对钙的吸收，烹饪菠菜时最好用开水焯一下，经过水焯以后，大部分的草酸可以释出，此时，把水倒掉，菠菜捞出，或凉拌或炒，就可在一定程度上減少草酸的破坏作用了。
此外，要注意的是，正在服用钙片，最好少吃或不吃菠菜。菠菜含有食物纤维，能解毒通窍，因此，有一定的滑肠作用，小儿在腹泻时最好也不要吃菠菜。
菠菜所含的草酸对泌尿道结石，胃结石患者来说也是大忌，有可能加重病情。